După diagnosticare, boala celiacă se monitorizează printr-o serie de controale și analize medicale.
În funcție de mai mulți parametri (vârsta pacientului, timpul de la diagnosticare până în prezent, existența bolilor asociate sau complicații ale BC diagnosticate târziu), medicul gastroenterolog recomandă repetarea anticorpilor tTG la fiecare 3, 6 sau 12 luni.
De asemenea, informații importante pentru medicul gastroenterolog pediatru sunt curbele de creștere (înălțime și greutate).
La copii, gastroenterologii recomandă urmărirea clinică la fecare 6 luni. Pot exista carențe de vitamine, de aceea trebuie monitorizate periodic vitaminele liposolubile (cum ar fi vitamina D3), vitamina E și fierul.

Monitorizarea nou-născuților cu părinți celiaci
Nu se justifică un screening la nou-născuţi.
Introducerea glutenului în alimentația bebelușilor ar trebui să aibă loc între 4 și 7 luni. Introducerea tardivă a glutenului nu-i protejează pe copii, ci din contră – riscul de a face boala este mai mare.
Potrivit Societății Europene de Nutriție Pediatrică, ideal ar fi ca bebelușii să fie încă alăptați atunci când li se introduce glutenul în alimentație. Academia Americană de Pediatrie susține că riscul de a dezvolta intoleranță la gluten este redus cu circa 50% la copiii alăptați, chiar dacă există o predispoziție genetică.
În jurul vârstei de 2 ani, se poate face un test pentru a afla dacă a moștenit gena, nu dacă are deja boala celiacă. După 2 ani, este recomandată repetarea analizei tTG la fiecare 2 ani.